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耶拿高速PCR仪在单细胞转录组测序技术中的应用

更新时间:2024-03-19      点击次数:138

耶拿高速PCR仪在单细胞转录组测序技术中的应用

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什么是单细胞转录组测序

      单细胞转录组测序就是在单个细胞水平上对转录组进行测序的技术,可以研究在单个细胞内基因表达的情况。而传统的测序技术,是在多细胞基础上进行的,得到的是多细胞中信号的均值,往往就会忽略了细胞的异质性,会掩盖细胞间差异性的信号(图1)。而单细胞转录组测序技术则可以在单细胞水平上分析细胞内群体异质性,定义细胞类型,判断细胞状态以及细胞的动态转变,在当下肿瘤方向研究、发育生物学、生物标志物等研究领域都具有广阔的应用潜力。

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图1.单细胞转录组测序和传统测序的区别(摘自网络)

 

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单细胞转录组测序技术流程

      以10x Genomics单细胞转录组测序技术为例,该技术流程可以简单总结为四个步骤,分别是:制备样本,单细胞微滴(GEMs)生成,构建文库和测序以及分析(图2)

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2. 单细胞转录组测序技术流程

 

      其中,在逆转录、cDNA扩增以及构建文库步骤中,PCR仪扮演着重要的角色,具体细分步骤可参考下图(图3),包括逆转录,cDNA扩增,片段化、末端修复和加A尾,接头连接以及文库扩增步骤:IMG_258

3. 单细胞转录组测序中需要应用PCR仪的步骤

 

       由于单细胞转录组测序在使用PCR仪的过程中涉及到大体积的体系构建(100ul),对PCR仪加热模块的温度均一性和精确度都有较高的性能要求,德国耶拿Biometra TAdvanced 96SG具有优异的温控系统,温度准确性达到±0.1℃,温度均一性达到±0.15℃,适用于5-100ul反应体系大小,是单细胞转录组测序流程中逆转录、cDNA扩增和文库构建步骤中的得力助手,可以提供稳定、可靠,更多符合下游测序要求的产物。

 

    值得一提的是,德国耶拿Biometra TAdvanced 96SG是10xGenomics单细胞转录组测序操作手册中推荐使用的PCR仪之一(图4)这也进一步说明10xGenomics对Biometra TAdvanced 96SG性能的肯定。

 

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4. 10xGenomics在单细胞转录组测序手册中推荐了Analytikjena JenaBiometra TAdvanced 96SG(摘自10xGenomics单细胞转录组测序操作手册)

 

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